همکاری بین‌کتابخانه‌ای اصطلاحی جامع برای طیف گسترده‌ای از فرایندهایی است که در جریان آن گروهی از کتابخانه‌ها به منظور تحقق اهداف مشترک و بهره‌برداری بیشتر از منابع خود در شکل‌های گوناگونی مانند فهرست‌نویسی تعاونی، تبادل اطلاعات کتاب‌شناختی، تهیه فهرستگان، اشتراک منابع، امانت بین‌کتابخانه‌ای و مانند آنها با یکدیگر همکاری می‌کنند. در عصر اطلاعات با ایجاد تنوع در قالب‌های اطلاعاتی و افزایش استفاده از منابع الکترونیکی نحوه همکاری بین‌کتابخانه‌ها نیز تغییر یافته است. در همین راستا کتابخانه مؤسسه در جهت افزایش دسترسی کاربران به منابع الکترونیک دیگر کتابخانه‌ها با کتابخانه‌های تخصصی زیر همکاری دارد:
1. کتابخانه مرکزی سازمان برنامه و بودجه کشور،
2. پژوهشگاه قوه قضاییه.
کاربران می‌توانند به شکل غیرمستقیم به منابع اطلاعاتی سایر کتابخانه‌ها دسترسی پیدا کنند. هنگامی که کاربر کتاب یا مدرکی را تقاضا می‌کند که کتابخانه فاقد آن است، این تقاضا به‌صورت امانت از کتابخانه دیگر و یا تهیه فایل از مدرک مورد نظر از سوی کتابخانه پاسخ داده می‌شود. این درخواست از سوی کاربر به صورت کتبی و یا از طریق تلفن، پست‌الکترونیکی، و جز آن به کتابخانه اعلام می‌گردد و کتابخانه برای ارائه این خدمت اقدام می‌‌نماید.